仓库能否在WMS系统帮客户创建入库单和出库单？

是可以的。您可以通过右上角设置→系统应用设置→系统偏好设置，将入库偏好和出库偏好打开，返回入库管理，出库管理创建界面即可选择创建仓库订单还是创建客户订单。